Hiện nay, đang tồn tại quá nhiều quy định về kiểm tra chuyên ngành trong hoạt động thông quan hàng hóa qua biên giới khi chịu sự điều chỉnh của 8 luật và các văn bản hướng dẫn. Điều này cho thấy, chỉ số thông quan hàng hóa qua biên giới vẫn là rào cản với hàng hóa xuất nhập khẩu.
Thí dụ, theo số liệu của Bộ Tài chính, có 36-38% trong tổng số 6,8 triệu lô hàng xuất khẩu trong năm 2014 thuộc đối tượng phải có giấy phép, thực hiện kiểm tra an toàn vệ sinh thực phẩm và phải được cấp chứng nhận tiêu chuẩn hàng hóa khi thông quan. Khoảng 72% thời gian thông quan hàng hóa hiện nay đang phụ thuộc vào hoạt động kiểm tra chuyên ngành, trong khi đó hoạt động này kém hiệu quả, gây phiền hà cho doanh nghiệp. Có lĩnh vực kiểm tra 6.000-8.000 mẫu hàng nhưng chỉ cho ra kết quả được 6 mẫu, đạt tỷ lệ 0,1%, là quá thấp. Rào cản nữa là phạm vi kiểm tra chuyên ngành hiện nay quá rộng, trong khi các cơ quan chuyên ngành thiếu sự phối hợp, chia sẻ, kế thừa thông tin của nhau, đã khiến doanh nghiệp phải cung cấp thông tin, chứng từ nhiều lần, cho nhiều cơ quan. Thủ tục hải quan điện tử triển khai để giảm bớt giấy tờ, thủ tục không cần thiết nhưng chưa đồng bộ với các cơ quan có liên quan như ngân hàng, thuế. Có những giấy tờ hải quan không cấp nhưng cơ quan thuế và ngân hàng vẫn yêu cầu.
Hay như trong thủ tục kiểm dịch hàng hóa xuất nhập, các hàng hóa như hạt điều, tinh bột sắn, cà phê, dăm gỗ… bắt buộc phải kiểm dịch khi xuất khẩu, ngay cả trường hợp đối tác nhập khẩu nước ngoài không yêu cầu kiểm dịch. Các doanh nghiệp cho rằng trong trường hợp đối tác nhập khẩu không yêu cầu thì nên bãi bỏ quy định này vì gây tốn kém cho doanh nghiệp. Chẳng hạn, thời gian kiểm tra chất lượng mặt hàng thép 2-4 tuần; chất lượng ngô giống nhập khẩu 7-10 ngày; kiểm tra, cấp giấy chứng nhận an toàn thực phẩm của cơ quan y tế trên 30 ngày; cấp phép thiết bị điện tử viễn thông khoảng 15 ngày…
Rắc rối, gây phiền hà nhất có lẽ là việc các văn bản hướng dẫn quy định về hoạt động kiểm tra chuyên ngành nhiều khi không rõ ràng và hay thay đổi, thậm chí chồng chéo. Cùng một mặt hàng, doanh nghiệp vừa phải có chứng nhận hợp quy, vừa phải kiểm tra từng lô hàng khi nhập khẩu. Hoặc cùng một mặt hàng nhưng lần nhập khẩu nào cũng phải xin giấy phép, kiểm tra chất lượng. Ngoài việc xin giấy phép của cơ quan quản lý nhà nước, doanh nghiệp xuất nhập khẩu phải xin cả loại giấy tờ tương tự như giấy phép của một số tổ chức khác.
Để rút thời gian thông quan hàng hóa, tạo thuận lợi thương mại qua biên giới, những rào cản trên cần được tháo gỡ. Theo đó, các cơ quan kiểm tra chuyên ngành chỉ nên kiểm tra những hàng hóa xuất phát từ những quốc gia, vùng lãnh thổ có rủi ro cao. Hoặc phân loại các hàng hóa cần kiểm tra tại thời điểm thông quan, hàng hóa kiểm tra sau thông quan hay kiểm tra sau, phù hợp với hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp.
